Сюжет: Развитие сюжета происходит в альтернативном Средневековье, где люди сражаются с Йома (яп. 妖魔?), оборотнями, питающимися человеческим мясом. Съев мозги человека, чудовище способно завладеть его воспоминаниями. Кроме того Йома могут принимать облик своих жертв, таким образом скрываясь среди людей. Они намного сильнее и быстрее обычного человека, и противостоять им, даже используя оружие, практически невозможно — сверхъестественная сила Йома основана на использовании магической энергии, также именуемой «йоки».
С целью борьбы с ними тайная Организация создала группу могучих воинов, получивших прозвище «Клеймор» из-за своих огромных мечей. Все они — полулюди-полумонстры, выращенные из детей, в чьё тело были внедрены плоть и кровь Йома. Их сила и ум зачастую превосходят генный оригинал. Эти полукровки способны чувствовать потоки йоки и, таким образом, находить самих монстров. Все Клеймор — женщины. Они не стареют и могут умереть только насильственной смертью. Обычные люди побаиваются их, несмотря на то, что Клеймор запрещено убивать людей, и нарушение этого правила сурово наказывается.
Организация существует за счёт выполнения заказов различных городов на уничтожение Йома. Однако если тот или иной город отказывается оплатить работу, то Организация более с ним не сотрудничает, и Йома, обычно быстро узнающие об этом, уничтожают его.
Клеймор, также как и Йома, для сверхъестественных действий использует йоки. При частом использовании йоки человеческая природа Клеймор сходит на нет, и они становятся полноценным чудовищем, более сильным, умным и опасным, чем обычные Йома; это называется «пробуждение (яп. 覚醒 Какусэй?)». Большинство Клеймор считают пробуждение хуже смерти и, чувствуя приближение этого момента, посылают одной из своих соратниц Чёрную карту — просьбу об умерщвлении, таким образом выбирая лучший для человечества вариант.