Сюжет: Действие сериала происходит в мире альтернативной истории. В манге, а также в новеллах, указано, когда именно в нём произошла развилка с реальным миром. Это был 55 год до н. э. который является 0 годом от становления Британской империи (далее с. Б. и.) Тогда Юлий Цезарь во время попытки вторгнуться на территоррию Британии, встретился с сильным сопротивлением со стороны местных племен, которые избирали своим лидером кельтского короля Эовина, который стал основателем императорской семьи. Поэтому разница между григорианским и британским календарём составляет ровно 55 лет.
Первый сезон
10 августа 2010 от с. Б. и. / 1955 года н. э. Единственная в мире сверхдержава Священная Британская империя объявила войну Японии. Причиной этому стал многолетний дипломатический конфликт, спровоцированный японской стороной. Для наземной операции Британия впервые использовала свою новейшую разработку — антропоморфные боевые машины, Найтмер Фрейм, противостоять которым японская армия была не в силах. В результате непродолжительной войны Япония потерпела поражение, потеряла суверенитет и была переименована в Зону 11. Британцы отныне являются в стране привилегированным сословием, а коренные жители Японии зовутся «одиннадцатыми» и подвергаются дискриминации. Некоторые из них, именуемые британцами «террористами», собираются в группировки, пытаясь отвоевать родине независимость, но безуспешно. Семь лет спустя отвергнутый принц Империи Лелуш Ламперуж, сосланный вместе с сестрой Нанналли в Японию за год до войны в качестве политического заложника, случайно попадает в самый центр конфликта между японскими террористами, похитившими капсулу, которая имела ценность для правительства, и британскими солдатами, получившими задание вернуть похищенное и выявить сообщников. В капсуле Лелуш находит таинственную девушку C. C. и получает от неё особую силу — Гиасс, с помощью которой можно заставить любого человека выполнить какой угодно приказ. Используя эту силу, Лелуш решает отомстить убийцам матери и создать мир, в котором его младшая сестра, неспособная видеть и ходить в результате психической травмы, полученной при нападении, сможет жить счастливо. Скрыв лицо маской для конспирации и взяв себе кодовое имя «Зеро», юноша становится лидером одной из террористических группировок, формирует из неё мощную организацию под названием «Орден Чёрных Рыцарей» и начинает войну с Британской Империей, в то время как его друг детства, сын бывшего премьер-министра Японии Куруруги Судзаку, сражается на стороне Британии в надежде изменить эту страну изнутри.
Второй сезон
Действие происходит через год после событий первого сезона 2018 от с. Б. и./ 1963 н. э. Поднятый Зеро бунт, получивший название «Чёрное восстание», был подавлен. Многие его участники захвачены, сам Зеро исчез и признан мертвым. Чтобы в будущем не допустить подобных беспорядков, к «одиннадцатым» стали применять исправительный режим правления. Лелуш Ламперуж ведет жизнь простого студента и, похоже, не помнит о своем прошлом. Кроме того, вместо сестры у него появился брат — Ролон Ламперуж. Остатки Ордена Чёрных Рыцарей проводят операцию, в ходе которой С. С. выходит на контакт с Лелушем и возвращает ему память. Позже выясняется, что его воспоминания были переписаны с помощью гиасса его отцом, британским императором, чтобы найти С. С., Нанналли похищена, а Ролон является агентом, готовым в любой момент убить Лелуша. Несмотря на все эти обстоятельства, Лелуш вновь становится Зеро и продолжает борьбу с Британией, а впоследствии — и со всем миром.